В Московском финансово-промышленном университете «Синергия» работает ряд научно-исследовательских центров, реализующих различные направления деятельности.
Руководитель — заведующий кафедрой Банковского дела МФПУ «Синергия», доктор экономических наук Сергей Рустамович Моисеев
Созданный в 2003 году, Центр проводит фундаментальные и прикладные экономические исследования, оказывает консультации в области финансового сектора, ведет издательскую и информационно-аналитическую работу. Его деятельность направлена на разработку и совершенствование учебных программ в области экономики, привлечение молодых ученых к профессиональным исследованиям, повышение квалификации преподавателей и ученых-экономистов.
Руководитель — Тарас Викторович Ивченко
В сферу деятельности Центра входит разработка и развитие образовательных, научно-исследовательских и обменных российско-китайских программ, а также формирование и поддержка рабочих связей с китайскими партнерами МФПУ «Синергия».
Руководитель — Мингазов Рустам Гумарович
Центр создан командой опытных венчурных специалистов с целью содействия коммерциализации научно-технических разработок, развития системы независимой оценки коммерческого потенциала отечественных научно-технических разработок и вовлечения студентов и аспирантов экономических специальностей Университета в инновационные процессы в России.
Руководитель — кандидат экономических наук Елена Александровна Первушина
С 2003 года в Университете действует один из крупнейших в России центров по подготовке и повышению квалификации аудиторов. Центр рекомендован Советом по аудиторской деятельности при Министерстве финансов РФ к включению в число уполномоченных центров по проведению квалификационных экзаменов на аттестат аудитора и повышению квалификации аттестованных аудиторов в области общего аудита, аудита бирж, внебюджетных фондов и инвестиционных институтов, аудита страховщиков и банковского аудита.
Руководитель — доцент кафедры Оценочной деятельности МФПУ «Синергия», кандидат экономических наук Ирина Вячеславовна Косорукова
С момента создания Центра в 1997 году в нем прошли обучение более 2000 специалистов из числа сотрудников крупнейших организаций, банков и фирм Москвы: «Российская оценка», «Росэкспертиза», «Сбербанк России», «МДМ Банк», ИК «Росбилдинг», ГК «Виноградов» и многих других компаний. В Центре работают лучшие профессора и доценты МФПУ «Синергия», а также специалисты-практики из оценочных компаний столицы.
Руководитель — первый проректор МФПУ «Синергия», доктор экономических наук Владимир Алексеевич Леднев
В 1998 году Московский финансово-промышленный университет «Синергия» стала первым российским вузом, который приступил к реализации образовательных программ в области спортивного менеджмента. Тогда же был создан Центр спортивного менеджмента, который предлагает специалистам, уже работающим в индустрии спорта, программы профессиональной переподготовки и повышения квалификации, направленные на получение новых профессиональных компетенций.
Руководитель — ректор МФПУ «Синергия», заведующий кафедрой Теории и практики конкуренции, член-корреспондент Российской академии образования, доктор экономических наук, профессор Юрий Борисович Рубин.
Центр создан в 1995 г. В основании научной школы находятся уникальные разработки в рамках актуальных направлений теоретических исследований проблем конкуренции, конкурентоспособности российской экономики и предпринимательства. В Центре работают ведущие профессора и преподаватели, аспиранты и студенты старших курсов. Центр занимается теоретическими и прикладными исследованиями в области предпринимательства, конкуренции и конкурентоспособности.