Управление Московским финансово-промышленным Университетом «Синергия» осуществляет Совет президента Университета, Ученый совет и ректорат.
Совет президента Университета контролирует организацию и проведение экспертных, исследовательских, координационных работ, связанных с исполнением решений и постановлений учредителей Университета - формирование стратегий развития, совершенствование академической и научно-практической деятельности Университета.
Ректорат занимается решением вопросов, связанных со стратегическим и оперативным управлением, функционированием вуза, укреплением его статуса в глазах международного образовательного сообщества.
Учебный совет Университета занимается разработкой, согласованием и утверждением стратегии развития академической учебно-методической и научной работы Университета.
В составе Университета - 7 факультетов, в рамках которых функционирует 55 кафедр. Для работы на кафедрах руководство Университета пригласило более 600 авторитетных специалистов (докторов и кандидатов наук, специалистов-практиков) в области экономики и эконометрики, предпринимательской деятельности, менеджмента, страхования, юриспруденции, дизайна, психологии, рекламы и PR и прочих направлений.
В структуру МФПУ «Синергия» также входит Наблюдательный совет Университета, в составе которого - известные деятели бизнес- и образовательной сферы. В функции Наблюдательного совета входит содействие в развитии партнерских отношений вуза с государственными, общественными и деловыми структурами, установление и развитие международных образовательных, научных, технических и культурных контактов Университета. Ежегодно члены Наблюдательного совета выделяют гранты на обучение, инвестируют перспективные проекты студентов, контролируют актуализацию программ и внедрение инновационных образовательных разработок, посредством привлечения внебюджетных средств на реализацию программ развития МФПУ «Синергия». В список основных функций Наблюдательного совета также входит повышение статуса Университета в глазах международного образовательного сообщества.